Durante o reinado do imperador Yao, o povo da China antiga foi constantemente atormentado por inundações mortais ao longo do rio Amarelo. Ansioso para acabar com a devastação, Yao selecionou Gun, um de seus oficiais, para elaborar um plano. Após nove anos de tentativas frustradas de usar barragens e diques, o emprego de Gun chegou a um fim questionável. Após sua morte, Yu herdou o trabalho de seu pai. Aprendendo com os fracassos de Gun, Yu começou a construir uma série de canais para direcionar o rio em ondas para campos próximos e canais menores.
Legacy of Yu é um jogo de campanha não linear, totalmente reinicializável e somente solo, onde você assume o papel do lendário herói da dinastia Xia, Yu, o Grande. Será seu trabalho construir os canais antes da inundação iminente, enquanto também defende sua crescente vila contra as tribos bárbaras vizinhas. A cada jogo, histórias serão compartilhadas e novos elementos de jogabilidade serão adicionados. A campanha apresenta um sistema de auto-equilíbrio que se adapta ao seu desempenho. A campanha termina quando você ganha ou perde sete jogos.